MedAI课题组发表文章 Journal of Molecular Structure.

2025年1月27日，由南通大学智能信息研究中心MedAI实验室负责人王理教授组织撰写，Sanjeevi Pandiyan为第一作者的题为Modeling 3D structures of PIK3CA and PIK3R1 genes based on homology modeling, molecular docking, molecular dynamics and MM-GBSA studyagainst breast cancer: Insights from an in-silico approach的文章发表在Journal of Molecular Structure上.

这项研究探讨了与乳腺癌发病机制相关的两个蛋白质，PIK3CA和PIK3R1的三维结构。这些蛋白质属于磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）通路，在调控细胞存活、增殖和运动等多个细胞过程中发挥重要作用。然而，PIK3CA和PIK3R1的三维结构此前未被解析，因此采用同源建模、分子对接、分子动力学和MM-GBSA分析等计算方法，预测了它们的结构，并探讨了潜在的药物相互作用。研究人员使用SWISS-MODEL、I-TASSER和MODELLER等工具构建了PIK3CA和PIK3R1的可靠三维模型，并通过Ramachandran图、ERRAT评分和ProSA Z分数等质量标准进行了验证。研究发现，PIK3CA和PIK3R1的模型质量较高，超过95%的残基位于理想区域。 该研究还通过分子对接模拟分析了这两个模型蛋白质与潜在抑制剂的结合相互作用，揭示了特定突变体（如PIK3CA的R115F突变和PIK3R1的V59T突变）与抑制剂之间较好的对接得分。随后，研究通过分子动力学模拟和MM-GBSA分析进一步验证了这些发现，提供了关于蛋白质-配体复合物稳定性的见解。